Questo libro è incentrato sulla figura di Zenone, medico, filosofo, alchimista che si trova a vivere in quel periodo turbolento e ricco di fermenti culturali, scientifici e religiosi che è il Cinquecento.
Zenone è un personaggio immaginario, sebbene siano facilmente ravvisabili in lui gli influssi di Paracelso, Michele Serveto, Leonardo (almeno quello dei Quaderni) e Tommaso Campanella.
Nella sua veste di medico, frequenta sia gli ori dei sovrani che le miserie del popolino appestato, sempre gettando uno sguardo scientifico sulle sofferenze che si trova ad alleviare. E ciò in un'epoca in cui anche nella medicina le credenze la facevano da padrona.
Ben presto, nelle sue continue e vaste peregrinationes, abbandona ogni afflato filosofico, ciascuno portavoce della propria verità, per abbracciare l'alchimia in cui tutto è messo perennamente in discussione.
Ignotus par ignotius, obscurus par obscurius ("Andar verso l’oscuro e l’ignoto attraverso ciò che è ancor più oscuro e ignoto"): questo è il principio che regola il mondo alchemico e che Zenone fa ben presto suo, ossessionato dalla necessità di "intelligere" l'oscuro e l'ignoto per antonomasia: l'animo umano.
Figura fluida (etero e omo, affascinato dalla Riforma pur rimanendo sostanzialmente invischiato nei dogmi della Controriforma, ortodosso e ciononostante incuriosito dalle varie e pervicaci sette politico-religiose) in un'epoca che impone nette prese di distanza, Zenone incarna l'anelito alla genialità allergico, per sua connotazione specifica, agli steccati dogmatici e ideologici.
A ben vedere, è il Cinquecento stesso, con le sue continue sovrapposizioni di scene colte dal chiostro e dai bordelli, dai traffici dei finanzieri così come dai miserevoli banchi di vendita, a trasfondersi nelle corde di questo riuscitissimo personaggio.
Eppure Zenone, dopo aver vissuto innumerevoli vite, sempre in fuga da qualcosa (da se stesso, dalla capillare Inquisizione, dagli insegnamenti che l'avrebbero voluto cristallizzare nei "lumi di Chiesa"), alla fine è costretto a denunciare la sua inaccettabile modernità: genio visionario, sempre in avanti rispetto al tempo in cui gli è dato di vivere.
Alla fine tutto si riduce a una scelta: ritrattare come Galilei, e quindi salvarsi. Dimostrarsi invece inflessibile come Giordano Bruno ("eretico e pertinace"), e inevitabilmente finire sul rogo.
Sullo sfondo, una terza via, sicuramente più vicina a quella di Bruno eppur diversa, che unica può suggellare la sconfinata originalità di Zenone. E lui, immancabilmente, la segue.
Eccola l'Opera al nero del titolo: la fase alchimistica della separazione e della dissoluzione della sostanza. La parte più difficile della Grande Opera che spetta a chi s'inoltra nei suoi imperscrutabili sentieri.
Dopo aver scritto, e mirabilmente, di un personaggio reale (Memorie di Adriano), Marguerite Yourcenar si sofferma sulla figura di Zenone, stavolta inventata ma altrettanto suggestiva e ricca di spunti di quella dell'imperatore romano.